Les protestants font en général remarquer 1. que Jésus affirme que c'est lui et non Pierre qui construira l'Église; 2. que Jésus parle de Pierre seul et pas de Pierre ainsi que de ses successeurs; 3. que Jésus ne dit pas cette parole dans le bleu, mais suite à la confession de Pierre affirmant que Jésus est le Christ, le fils du Dieu vivant (v.16). Il affirme ainsi que c'est sur des gens qui confessent leur foi comme le fait Pierre qu'il compte pour construire lui-même sa communauté de disciples.

Cela dit, il est indéniable que Pierre fut l'un des rocs sur lesquelles s'édifièrent les premières communautés ou premiers groupes de communautés chrétiennes. Jacques en fut un autre. Le « disciple bien aimé » dont parle l'évangile de Jean un autre encore. Quant à Paul, il se refuse à être le fondement de l'Église ou d'une Église, car pour lui le Christ est le seul fondement que l'on puisse poser (cf. I Cor 3.11; cf. aussi 3.5-9 et 3.21-23)