Difficile, de répondre à votre question. Pourquoi? -Parce qu'il existe beaucoup
de sortes d'"Eglises protestantes", et beaucoup de sortes d"Eglises Evangéliques
Baptistes". En général, les baptistes se disent eux aussi "protestants", parce
que leur mouvement est issu de la Réforme du 16ème siècle. Pour simplifier, disons
que les Eglises protestantes issues de la Réforme étaient déjà multiples au
16ème siècle, et se disputaient entre elles: luthériens, calvinistes, anabaptistes,
...; ces Eglises se sont développées indépendamment les unes des autres, et
se sont divisées.
Pour répondre brièvement à votre question portant sur la "différence fondamentale"
entre ce que vous appelez "protestants" et "baptistes", celle-ci porte sur la
doctrine et la pratique du baptême, et par conséquent, sur la nature de l'Eglise.
Les baptistes disent: l'Eglise doit être composée de membres qui ont lucidement
choisi de l'être, et qui ont demandé personnellement le baptême, en confessant
leur foi. Le baptême ne peut donc être administré qu'à des personnes responsables
et conscientes.
Les autres protestants pratiquent en général le baptême de personne de tous
âges, y compris des nouveaux-nés, quand c'est demandé par leurs parents; il
y a, derrière cette façon de faire, la conviction que ce qui fait de quelqu'un
un chrétien, membre de l'Eglise du Christ, ce n'est pas d'abord une volonté personnelle
d'adhésion, mais l'appel du Christ. C'est Lui, par Sa Parole, qui fait exister
l'Eglise. Lui, et non pas le militantisme de ses membres.