Dieu peut nous parler comme il veut. Il peut emprunter n'importe quel moyen et pourquoi pas la maladie ? Pourtant on ne peut pas dire qu'à chaque fois que l'on tombe malade, Dieu veut nous dire quelque chose. Il se peut aussi fort bien qu'il laisse aller les choses. C'est dans cette liberté de Dieu et seulement dans cette liberté que réside son « mystère ».
S'il me parle, que me dit Dieu ? Vous l'avez constaté il y a à ce propos une différence entre le Dieu de l'Ancien et celui du Nouveau Testament. Dans l'Ancien il lui arrive de punir (mais aussi de faire grâce). Dans le Nouveau, Jésus ne nous présente pas un père qui punit. Dieu veut peut-être faire notre éducation, mais ne se venge certainement pas du mal que nous lui avons fait et continuons de lui faire. Jésus guérit (de la part de Dieu) des malades. Il ne vient pas leur expliquer que c'est normal qu'ils soient malades à cause de leur péché.
Il y a même un passage très explicite de l'évangile de Jean à ce propos. Il rejoint votre question concernant la maladie de certains enfants. Dans le chapitre 9, les disciples lui posent la question suivante à propos d'un aveugle de naissance : « Qui a péché, lui ou ses parents, pour qu'il soit né aveugle ? » Et Jésus de répondre : « Ce n'est pas que lui ou ses parents aient péché ; c'est pour que les oeuvres de Dieu se manifestent en Lui ». Jésus refuse de faire un lien entre péché et maladie. La seule préoccupation de ses disciples doit être de guérir ou pour le moins de soulager qui est malade.
On peut effectivement relire la croix, comme la manifestation du fait que Dieu a renoncé à punir l'humanité et a décidé de souffrir avec elle pour lui manifester que rien ne peut nous séparer de son amour (Romains 8.38-39).