En protestantisme il n'existe pas de prière pour les défunts. Pourquoi ? Parce que le sort des défunts ne nous appartient plus. Il est entre les mains de Dieu. On ne peut donc que remettre les morts à Dieu. Par contre, lors d'un deuil, on peut fort bien se remettre aussi soi-même entre les mains de Dieu pour qu'il nous apaise et qu'il nous permette de laisser s'en aller celui ou celle qui nous a quitté. Mieux encore : on peut prier Dieu qu'il nous apprenne jour après jour à remettre ceux à qui nous sommes attachés, qu'ils vivent ou soient décédés, entre Ses mains. Devant Dieu, nous ne maitrisons, en effet, jamais la vie d'autrui. Autrui ne nous est jamais que prêté pour un temps. Il convient que Dieu nous apprenne à recevoir notre prochain avec gratitude et de le remettre à Dieu sans regret. « Dieu a donné, Dieu a repris, que le nom de Dieu soit béni », disait Job.
Quant à commémorer les défunts, je ne vois pas pourquoi il y aurait lieu de le faire dans la prière. Le souvenir est quelque chose qui surgit en nous spontanément. Ce qui importe, c'est alors ce que nous faisons de ce souvenir. Est-il l'occasion de regrets ou de reconnaissance ? On peut prier Dieu qu'il nous libère de nos regrets et nous fasse Lui dire toute notre reconnaissance pour ce que nous avons reçu au travers des défunts.